根据上述文件规定，在试点期间，给予试点地区高新技术企业研发费用和为科技人员缴纳的“五险一金” 列入企业所得税税前加计扣除范围，发生的职工教育经费支出按不超过工资薪金总额8%列入税前扣除，相关技术人员获得股权奖励应缴纳的个人所得税在5年内可以分期缴纳。
上述三项自主创新政策的获批，标志着我国在自主创新综合试验区税收政策方面取得重大突破。
财政部、国家税务总局是以三份文件分别下达了三项试点政策通知的。
第一项政策是有关研发费用加计扣除试点政策。在《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费用加计扣除试点政策的通知》(财税[2013]13号)中，政策规定，对在试点地区、试点期内，高新技术企业执行研究开发费用加计扣除政策进行了进一步细化和完善，并新增加了将高新技术企业为科技人员缴纳的“五险一金”列入研发费用加计扣除范围，允许按实际发生额的150%比例，在缴纳企业所得税时予以税前扣除。
第二项政策是有关职工教育经费税前扣除试点政策。在《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关职工教育经费税前扣除试点政策的通知》(财税[2013]14号)中，政策规定，对试点地区、试点期间，高新技术企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额8%，准予在计算企业所得税应纳税所得额时扣除。
第三项政策是有关股权奖励个人所得税试点政策。在《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关股权奖励个人所得税试点政策的通知》(财税[2013]15号)中，政策规定，在试点期间，试点地区，高新技术企业相关技术人员获得本企业给予的以股份或出资比例等股权形式的奖励，一次缴纳个人所得税有困难的，经主管税务机关审核，可以在5年内分期缴纳。
据了解，北京市地方税务局近期将会同市财政、国税、科委、中关村管委会研究，将明确有关流程和文书(拟比照京财税〔2010〕2948号文件办理)。
